События происходят через некоторое время после окончания первого сезона.Пока Ёко занимается подводными исследованиями около Мадагаскара, Мадока, более не способная запустить «глаз ауры», отправляется в Камогаву. Дома она обнаруживает письма от Лан и Мугинами, в которых они пишут о своей текущей жизни и поздравляют её с Новым Годом. Спустя месяцы заканчивается и очередной учебный год. Мадока переходит в следующий класс, и её день рождения уже не за горами. В это же время её лучшие подруги прилетают посмотреть на копию Камогавы, в межгалактический туристический центр на планете Полигидрон.

Мадока Куоно очень энергичная девушка, страстью и гордостью которой является клуб "Джерси", цель которого - помощь всем нуждающимся людям!Жизнь Мадоки переворачивается с ног на голову, когда странная незнакомка просит её помочь - пилотировать робота. Желая защитить людей и свой родной город Камогаву, Мадока соглашается попробовать справиться с воскресшим внезапно роботом, и бороться с инопланетянами, вторгающимися и атакующими Землю..

Прошло несколько месяцев с тех пор, как Лаффинти и Мугинами покинули Землю. Выпускной класс совсем близко, и нужно решать, пойдёт ли Мадока Кёно учиться в колледж или начнёт работать, но все её мысли — о подругах. Вот только совсем скоро всё изменится, и мирный городок Камогава, ставший столь популярным местом после произошедших событий, скоро вновь превратится в поле действий космического значения.

История разворачивается на континенте Крузон, где назревает война между королевством Крисна и республикой Атен. Война тут будет вестись не совсем стандартная, ведь жители данного континента не обычные люди: они наделены особой способностью, с помощью которой могут использовать кварц (добываемый минерал) для любых целей. Поэтому здесь нет ни ракет, ни танков, а единственное оружие — это Големы.Однако в каждом правиле есть исключения: Райгарт Арроу, так называемый "не маг", не наделен способностью управлять кварцем. Несмотря на это, в день, когда Големам Атена удается прорваться к центру королевства Крисны, Райгарту случайным образом удается активировать древнего Голема, достаточно мощного, чтобы уничтожить дисбаланс в силе между армиями Крисны и Атена, и дать хотя бы мизерный шанс на победу королевству Крисны. Сумеет ли он защитить дорогое в этой войне?

Иерусалим, 1273 год. Странствующий рыцарь Круглого стола Бедивер достиг Святого города, где его встретила пустыня и толпа обездоленных. Здесь в войне за территорию сошлись три силы: рыцари Круглого стола под началом Короля Льва, Царь Царей Озимандий и повстанцы, живущие в горах. Бедивер столкнулся с Рицукой, который вместе со своим слугой Мэш Кириелайт пытается восстановить человеческую историю.Чтобы остановить воинственного Льва и бессмысленное кровопролитие, Бедивер и его союзники обращаются к повстанцам, а потом и к Озимандию.

На континенте Крузон назревает война между королевством Крисна и республикой Атен. Люди в этих странах владеют магией: могут использовать минерал кварц для любых целей, каких пожелают. Но один человек, Райгат Арроу, не может: он так называемый «немаг», «неспособный». Однако эта неспособность помогает ему в пилотировании древнего Голема, настолько сильного, что он может склонить чашу весов в этой войне не в пользу республики Атен.

Как часто бывает, если в конфликт втянуты две не особо сильные державы, то обязательно найдется третья, более сильная сторона, которая воспользуется неразберихой и поглотит их, пока они заняты своей войной. Это понимает и Зесса, но он ещё не знает, каким образом заключить мир с королём Крисны, его старым другом Хозулом. Зессу предстоит встретить ещё одного товарища, Райгарта, которому суждено тоже быть вовлеченным в этот конфликт, и, может быть, прекратить ненужные кровопролития. Судьба держав вновь оказывается в руках обычного человека...

Действие сюжета разворачивается в альтернативном мире, на континенте Крузон, жители которого наделены уникальной способностью – использовать "кварц", с помощью которого они могут управлять своими машинами и прочими механизмами. Способности, которыми они владеют, называют "магией", и именно благодаря тому, что каждый житель материка "маг", их цивилизация быстро развивается.Но в этом мире был и тот, кого судьба обделила и лишила таких способностей. Его зовут Райгарт Эрроу. Но, однажды, и ему удается каким-то чудом оживить Голема, а позже стать его хозяином. Вскоре становится ясно, что по иронии судьбы только Райгарт и его Голем единственные, кто может остановить войну между двумя державами.

Ригарт Эрроу — единственный человек во всём мире, который не обладает врождённой способностью использовать минерал "кварц " в целях получения энергии. Но у Ригарта есть отличные связи — давние друзья по колледжу, и, по совместительству, король и королева его родной страны, под названием Крисна. Так вышло, что Зесс — предводитель армии соседнего королевства, объявившего войну Крисне, — тоже друг главного героя. Поначалу от оказавшегося в эпицентре событий Эрроу никакого толку — он ведь, бедолага, даже боевыми машинами управлять не может. Однако, позже он совершенно случайно запускает Голема, и с той минуты судьба этих держав в его руках.

Где-то в японских горах находится скрытый мир, в котором обитает раса разумных трёхлапых вóронов — ятагарасу, способных принимать человеческий облик. Род ятагарасу, а также страну Ямаути, в которой они живут, некогда создал бог-вóрон, известный как Золотой Ворон. В центре страны расположена столица, где построен и замок императора. Остальные территории, согласно сторонам света, поделены на северное, южное, восточное и западное княжества. Раз в несколько поколений Золотой Ворон перерождается в императорской семье, занимает своё законное место на троне и правит народом. Император, который правит Ямаути в отсутствие божественной реинкарнации, тоже носит титул Золотого ворона, хотя получает его лишь номинально.Фальшивый или настоящий, перед тем как стать императором, Золотой ворон должен выбрать себе будущую супругу, чтобы гарантировать продолжение правящего рода. Каждый князь отправляет в столицу дочь в качестве невесты. Целый год четыре кандидатки проводят рядом друг с другом, соревнуясь в изящных искусствах, и благодаря этому совершенствуются. Вот и в этот раз на смотрины прибыли красавицы-невесты, особенно взволнованные происходящим, ведь им выпал шанс стать женой истинного Золотого Ворона, который родился в одну с ними эпоху.Вот только будущий император Вакамия что-то не торопится встречаться с ними. Всё потому, что вокруг императорского трона, который пока ещё занят отцом Вакамии, плетутся бесчисленные интриги в грязной борьбе за власть. Вакамия вынужден искать людей, которые будут ему безусловно преданы.Так в столице сходятся пути Вакамии, юного Юкии, четырёх невест и неизвестных заговорщиков.