События разворачиваются в эпоху Бакумацу, в конце правления сёгуната в Японии в середине XIX века. Сёгунат Токугава использует особые, промывающие мозги «Небесные песни», исполняемые главными идолами «Синсэнгуми» в попытке поработить всю страну и её народ. В этой Японии сочинение или исполнение любых песен, кроме «Небесных» — преступление, которое жестоко карается смертной казнью. Сакамото Рёма и другие рокеры восстают, дабы рискнуть изменить мир ради свободы и справедливости при помощи рок-н-ролла.

Прошёл год спустя с «инцидента в Тачикаве» летом 2015-го. «Общество» — система, преобразующая души людей в физическую форму. Эта сила была дана Руи Ниномии инопланетянином Берг-Катце после того, как он вынул блокнот Руи. Эта система распространилась по миру. Премьер-министр Японии, Сэйтаро Сугаяма, поддержал это начинание, но не все согласны с его политикой — его самолёт атакует загадочная группировка, тем самым зародив начало нового конфликта.

При трагических обстоятельствах узнав об истинной природе «Сивиллы», инспектор Аканэ Цунэмори принимает решение подчиниться системе, искренне веря, что в конце концов человечность и правопорядок смогут сосуществовать в гармонии.После дела Сёго Макисимы и исчезновения Синъи Когами суматоха в департаменте утихла, и город вернулся к прежней размеренно управляемой жизни. Инспектор Цунэмори теперь — член нового подразделения полиции, а преследование и задержание преступников для неё отныне привычное дело. Казалось бы, жизнь вернулась в свою колею, но Аканэ пока не подозревает, что скоро она столкнётся с настоящим чудовищем, которое сотрясёт Систему до самого её основания...