В далёком будущем настал тот момент, когда люди были вынуждены покинуть Землю и переселиться в другую галактику. Первой на выбранную для заселения планету прибывает передовая группа космических кораблей, перед которыми стоит задача провести терраформирование. Люди не тратили время в путешествии, каждого члена команды «печатает» биологический 3D-принтер.

2045-й год. Простая, на первый взгляд, работа по выслеживанию торговца оружием на западном побережье США втягивает группу наёмников ПРИЗРАК, состоящую из бывших членов Девятого отдела Бюро общественной безопасности Японии, в конфликт с невиданной доселе угрозой — постлюдьми, существами, значительно превосходящим киборгов. Члены Девятого отдела собираются вместе, чтобы противостоять этой новой угрозе.

После того, как Тайки и его друзей выбросило обратно в Реальный мир, мальчик, после победы над Тактимоном, смог-таки вернуться в Цифровой мир, где уже прошло около месяца. За это время в Цифровом мире воцарился хаос. Багурамон, виновник всего происходящего, благодаря полученной Кодовой Короне разделил мир на несколько царств, где правят сильнейшие дигимоны-генералы. Теперь Тайки, Нэнэ и Кирихе необходимо объединить силы, дабы остановить Багурамона и разрушить его коварные планы.

Освободившись от своих обязанностей с 501-ым секретным отделом, Мотоко Кусанаги теперь должна выполнять приказы Дайсукэ Арамаки. Кто-то взломал искусственный интеллект Логикомы и Бато начинает собирать команду. Он заручается поддержкой бывшего армейского офицера разведки Исикавы и специалиста по взрывчатке и подрывному делу Бомы. Кусанаги также стремится привлечь к этому расследованию снайпера Сайто и тайного агента Падзу. Девятый отдел разворачивает очередную операцию.

Япония, XIV век. Ослепший ещё в детстве юноша Томона, уже хорошо устроившийся в труппе бродячих музыкантов и сказителей, однажды случайно встретился с Ину-о, парнем с изуродованным телом, но невероятными вокальными и хореографическими способностями. Их дружба и совместные выступления на публику дают начало новому периоду театра Но и вместе с этим открывают завесу тайны, связанной с загадочным рождением Ину-о и его проклятием.

Великобритания, XIX век. Джонатан Джостар, он же ДжоДжо, счастливо живёт в особняке со своим отцом. И вот у его семьи случается пополнение — отец семейства Джордж Джостар усыновляет странного паренька по имени Дио Брандо. Джонатан рад — у него появится новый друг. Однако Дио вовсе не настроен проявлять дружелюбие. Он задумал избавиться от единственного наследника Джостаров и заполучить всё их состояние себе. Мало того, что он избил Джостара-младшего в спарринге по боксу, настроил его друзей против Джонатана, так ещё и украл первый поцелуй у его девушки! Как будто этого мало, Дио сжигает в печи любимую собаку Джонатана — Денни. Но хуже всего то, что Дио тоже лыком не шит — на людях он ведёт себя как образцовый джентльмен. Тут терпению ДжоДжо приходит конец...

Специальный эпизод пересказывает события основной сюжетной линии сериала «Призрак в доспехах: Синдром одиночки 2».

На фестивале магических битв «Триумф», который проходит в славном Королевстве Клевера раз в десять лет, Аста намерен показать себя и вновь сразиться со своим другом детства Юно. Но радость предвкушения достойной битвы была прервана появлением Конрада Лето, прошлого короля магов. Вместе с приспешниками Конрад Лето планирует уничтожить Королевство Клевера, а на его руинах построить новое, в котором все люди будут равны. Рыцарям-чародеям придётся объединить силы, чтобы спасти королевство и одолеть врага, а Асте, юноше, не владеющему магией, стать главным оружием в этой битве.

В 2024 году после террористического акта, известного как «Инцидент со Смеющимся Человеком», в котором участвовал Эрнест Серано, президент новаторский компании «Серано Genomics», был похищен.2030 год. Эти события уже готовы стать историей, но в Управлении МВД до сих пор работает группа, расследующая дело «Смеющегося Человека». Один из них, детектив Ямагути, не доверяя своим коллегам, пересылает часть материалов Тогусе, и в тот же вечер погибает в дорожной аварии при подозрительных обстоятельствах. Появляются подозрения, что в полиции использовались «перехватчики», что приводит к скандалу. Во время конференции по расследованию нарушений в высших чинах Управления в игру вновь вступает таинственный хакер по прозвищу «Смеющийся человек».