В недалёком будущем человечество сталкивается с неминуемой угрозой от загадочных инопланетных существ. Весь мир погружается в войну с этими существами, против которых обычное оружие бесполезно. И тогда ученые разрабатывают новый прототип оружия, которое сочетает в себе науку и магию. Для достижения наибольшего эффекта его должны использовать девушки-подростки, именуемые «Лилии». Они обучаются в специальных военных академиях, которые также служат базами для защиты людей. Эта история о девушках, которые стремятся стать «Лилиями», чтобы защитить весь мир.

2045-й год. Бывшие члены Девятого отдела Бюро общественной безопасности Японии работают наёмниками на западном побережье США. Вместе с новичком Стэном они защищают закрытый город от преступников, когда сталкиваются с новой грандиозной угрозой — постлюдьми, существами, которые значительно превосходят киборгов в силе и выносливости. Члены Девятого отдела собираются вместе, чтобы спасти людей и город.Фильм-компиляция сериала «Призрак в доспехах: Синдром одиночки 2045» с новыми сценами.

История закручивается вокруг «Клуба красавчиков-детективов» — благотворительной организации, находящейся в частной школе Юбива. Цель клуба — помогать тем, кто в этом нуждается, но только если их лидер, Манабу Сотоин, сочтёт просьбу «красивой». Однажды члены клуба встречают девушку по имени Маюми Додзима, которая просит их найти звезду, увиденную ею в далёком детстве на ночном небе.

Ученик средней школы Масамунэ Кикуири живёт в небольшом городке, все выходы из которого были перекрыты из-за внезапного взрыва на сталелитейном заводе. После этого взрыва время для жителей города остановилось. Не в состоянии что-либо изменить, люди вынуждены проживать монотонные серые дни в надежде когда-нибудь вернуться к нормальной жизни.Однажды загадочная одноклассница Масамунэ, Муцуми Сагами, приводит его к пятой доменной печи сталелитейного завода, где он встречает девушку, почти не умеющую говорить и повадками напоминающую дикого волчонка. Встреча троих подростков нарушает баланс мира, и неудержимый «импульс любви» уставших от унылых будней юношей и девушек начинает разрушать их город.

Инспекторы первого отдела Бюро Общественной Безопасности Арата Синдо и Кэй Михаил Игнатов продолжают расследовать деятельность таинственной организации «Биврёст» и всё ближе подбираются к раскрытию тайны загадочной смерти своих родных. Однако члены «Биврёста» не собираются останавливаться и начинают финальный раунд своей безжалостной игры. Теперь под удар попадает само Бюро, а его сотрудникам предстоит пройти через смертельные испытания. Смогут ли они остановить преступников и остаться верными своим принципам, когда на кону жизни их товарищей?

Корпорации борются за власть и прибыль, создавая всё большее напряжение между жителями космоса и Земли, которое грозит перерасти в широкомасштабную войну. Обстоятельства приводят к тому, что Миорин, Сулетта и их друзья, а также новая компания «GUND-ARM, Inc.» оказываются в кризисе и попадают в водоворот предательств и интриг. Им предстоит преодолеть множество испытаний, а также выйти из тупика и кучи проблем, которые намереваются их поглотить. Верность идеалам станет их опорой в борьбе со встреченными препятствиями. Чтобы остаться на плаву, герои должны пройти через многое. Смогут ли Миорин и Сулетта выстоять в такой ситуации?