В один прекрасный день случилось чудо — посреди Тихого океана из ниоткуда вдруг появился целый континент! Этот новый материк оказался родным домом для целого сонма новых загадочных видов растений, животных и минералов. Человечество вовсю будоражит от восторга и трясёт от предвкушения приключений. Так начинается новая захватывающая эра первооткрывателей и исследователей!

Ётаро Мисаки очнулся на берегу моря. Судя по всему, он весь день провалялся на пляже. Случайно он знакомится с Араси Муто, который работает менеджером странного заведения под названием «Ресторан медуз». Ётаро не помнит кто он, откуда и как оказался здесь. Видя это, Араси берёт на себя опеку над юношей, пока к нему не вернётся память. Что же получится из такого знакомства?Но Ётаро соврал. На самом деле он помнит кое-что, и это — смерть его брата-близнеца...

В недалёком будущем человечество сталкивается с неминуемой угрозой от загадочных инопланетных существ. Весь мир погружается в войну с этими существами, против которых обычное оружие бесполезно. И тогда ученые разрабатывают новый прототип оружия, которое сочетает в себе науку и магию. Для достижения наибольшего эффекта его должны использовать девушки-подростки, именуемые «Лилии». Они обучаются в специальных военных академиях, которые также служат базами для защиты людей. Эта история о девушках, которые стремятся стать «Лилиями», чтобы защитить весь мир.

Внук Третьего Хокагэ, Конохамару, наконец-таки влюбился! Избранницей оказалась его одноклассница, Йошино Каэдэ. Но вот проблема: оказывается, её семья скоро покидает деревню по причине новой работы отца девочки. Чтобы Йошино осталась в Скрытой Деревне Листа, Конохамару хочет отыскать для неё легендарный тёмно-красный четырёхлистный клевер, который, по слухам, может исполнить одно любое желание...