Действие разворачивается в 0097 году Вселенского Века, спустя год после событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог».Несмотря на открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов, мир не претерпел значительных изменений. Конфликт, названный «Инцидентом Лапласа», закончился распадом группировки остатков Нео-Зиона, известных как «The Sleeves». В последней битве два мобильных доспеха продемонстрировали силу, недоступную человеческому пониманию. Белый Единорог и Чёрный Лев были запечатаны, и теперь, казалось бы, полностью забыты. Но внезапно появляется считавшийся утерянным два года назад третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс»...

В детстве Кэйтаро Урасима обещал девочке, что в будущем они обязательно встретятся в Токийском университете. К сожалению, на Национальном экзамене он занимает 27-е место с конца, а посему весь следующий год собирается усердно заниматься, чтобы исполнить данное когда-то обещание. Чтобы не уезжать из Токио, Кэйтаро решает остановиться в отеле своей бабушки, переехав куда обнаруживает, что отель уже давно превратился в женское общежитие. В конечном счёте он становится там менеджером и начинает свою нелёгкую жизнь рядом с пятью постоялицами.

Люк фон Фабр, избалованный отпрыск благородных кровей королевства Кимласка, был похищен семь лет назад враждебной империей Малькут. После освобождения он потерял память обо всём, что было раньше, и начал слышать призывы странного голоса, который больше не слышит никто.Однажды, во время тренировки с наставником Ваном Грантсом, загадочная женщина, назвавшаяся Тир, врывается в особняк с единственной целью — отнять у Вана жизнь. Начинается схватка, во время которой Люка вместе с Тир переносит за сотни миль от дома.Теперь, когда Люк наконец-то обрёл свободу, о которой давно мечтал, его встречает большой открытый мир, путешествуя по которому Люку предстоит опровергнуть всё, что он знал о себе самом.