Ночь. Улицы, озарённые неоновым светом. Банды Токио. Днём это — оживлённый и людный мегаполис, но многие даже представить себе не могут, что творится здесь по ночам. Ночной город превращается в средоточие всех людских пороков: разборки уличных банд, секс, беспредел, разбой и полное беззаконие. Но это лишь цветочки. В действительности ночной Токио поделён на районы, и в каждом таком районе — свои влиятельные представители.Кай — славный малый из группировки «SARU». Такой статус он заслужил среди своих. Однако глава этой группировки, Тера, совсем не хочет грызни. И всё бы было у них и дальше «ништяк», но на этот раз главенствующее миролюбие может стать серьёзной помехой и для Теры, и, тем более, для его дружков из «SARU». Члены банды «WU-RONZ», эдакие отморозки почище «SARU», решили объявить последним войну. Но Тера закрывает на это глаза, призывая «братанов» не лезть на рожон. Вот только всегда ли они будут это терпеть?

Эта история юноши по имени Зед начинается в городе Калм — мрачном месте, где никогда не дует ветер. Мать Зеда содержится в психиатрической лечебнице, а непослушного и упрямого мальчишку со странностями вот-вот исключат из учебного заведения за бунтарский нрав и стремление к разрушению. Но Зеду все равно. Путаясь в собственных чувствах, он одержим тайной своего рождения. Его странностью является необоримая тяга к разрушению любых дверей, а на вопрос о том, для чего он все это вытворяет, мальчик способен лишь сказать, что запертые двери не дают ему почувствовать вкус свободы. Зед верит в существование места, где его судьба будет совершенно иной. И по ночам его преследует один и тот же сон, в котором некое существо открывает врата в другой мир и раз за разом зовет его с собой.И вот однажды, когда выходки юного бунтаря достигают своего апогея, попечители и директор уже не ограничиваются обычными мерами наказания. Так и начинается история...

Альтернативное средневековье. В этом мире людям приходится сосуществовать с монстрами ёма, охотящимися на людей и пожирающими своих жертв. Для борьбы с ёма некая Организация создаёт орден воинов полулюдей, полуёма, и этот орден встаёт на защиту человечества, однако требует за это плату. Воинов ордена называют «Клеймор» по тому оружию, которым они владеют, но многие их зовут «серебряноглазыми ведьмами» из-за характерной внешности и безразличного отношения к другим. Каждая Клеймор имеет свой ранговый номер, дающийся в соответствии с силой и способностями.История начинается с момента знакомства Клэр — девушки, получеловека, полуёма, что пришла в небольшой городок выполнять одно из заданий Организации — и Лаки, молодого человека, чьих родителей убил местный ёма. Эта встреча была отнюдь не случайна. Наших героев ждут нелегкие испытания, что прольют свет на все происходящее в этом мире и историю Клеймор, какой бы та легкой не казалась.