Мир, где живут вместе люди и андроиды под названием неаны. Руж, девушка-неан, вместе со своей напарницей Наоми получает от правительства задание - остановить группировку неанов, известную как Бессмертная девятка.

Действие разворачивается в 0097 году Вселенского Века, спустя год после событий OVA «Мобильный воин Гандам: Единорог».Несмотря на открытие «Ящика Лапласа» и признание прав ньютайпов, мир не претерпел значительных изменений. Конфликт, названный «Инцидентом Лапласа», закончился распадом группировки остатков Нео-Зиона, известных как «The Sleeves». В последней битве два мобильных доспеха продемонстрировали силу, недоступную человеческому пониманию. Белый Единорог и Чёрный Лев были запечатаны, и теперь, казалось бы, полностью забыты. Но внезапно появляется считавшийся утерянным два года назад третий мобильный доспех серии «Единорог» — золотой «Фенекс»...

В этом странном мире сверхчеловеческие возможности дают обладание чудесными камнями, которые «родственны» организму владельца. Кусочек такого минерала когда-то достался 17-летнему Аруме Тандодзи – и счастья ему не принес. Из-за взрывов буйства и ярости парень искалечил немало людей, ушел из дома и сейчас находится на испытательном сроке. В школе столь знатного хулигана все обходят десятой дорогой, да и сам герой не желает ни с кем сближаться. Только одноклассница Вакана Ито верит Аруме и старается вовлечь его в свой «клуб самоцветов», впрочем, без особого успеха. Так бы и жил Тандодзи изгоем, если бы однажды в двери не постучалась рыжая малышка в сопровождении дворецкого.Гостья по имени Рури оказалась главой корпорации Айба, а попутно координатором борьбы с Аси – каменными демонами, давно угрожающими человечеству. Против демонов мало помогает обычное оружие – нужны воины Света, черпающие силу из волшебных камней. В последующем вихре событий Рури отдает Аруме собственный Камень – в итоге герою удается обуздать гнев и ярость и получить огромную силу, став одним из Священной Семерки избранных. Теперь Арума обречен бороться с силами зла в тесной компании Рури, боевого дворецкого Кагами, целой армии горничных, демона-перебежчика Онигавары и других членов Семерки. А в «клуб самоцветов» герой все-таки вступил!

В далёком будущем человечество оставило разоренную и отравленную Землю, отправившись в космос. Однако, по неизвестным причинам, из этого ничего не вышло, и людям пришлось вернуться на Землю и обнаружить, что бо́льшая часть планеты, за исключением территории Японии, для жизни стала непригодна. Чтобы разместить всё население, вокруг были созданы дополнительные зоны. В поисках способа вернуться на просторы космоса, была начата реконструкция истории человечества, согласно священной книге Завета. Но в 1431 году эпохи реконструкции население зон, созданных вокруг Японии, взбунтовалось и захватило саму Японию, разделив её на феодальные вотчины и заставив коренной народ уйти.Сейчас, в 1648 году э.р., беженцы живут в городе-корабле, который непрерывно путешествует над континентом покинутой родины под наблюдением союза реконструкции. Возникают слухи о грядущем апокалипсисе и войне, и реконструкция останавливается для выяснения того, что произойдет после 1648 года.Воспользовавшись ситуацией, Тори Аой, руководитель академии Высшей Федерации и президент студенческого совета, возглавляет своих сокурсников с целью вернуть себе историческую родину.