Будучи ребёнком, Коёми Хидака, живущий с отцом после развода родителей, встретил девочку по имени Сиори Сато в исследовательском институте, где работает его отец. Вместе взрослея и с каждым годом становясь всё ближе друг к другу, молодые люди влюбились, но мать Сиори и отец Коёми, не замечая чувств своих детей, объявили им о своей свадьбе. Коёми и Сиори, убеждённые, что им не суждено быть вместе в этой реальности, желают найти мир, в котором они не будут друг для друга сводными братом и сестрой.

После окончания жестокой Мировой Войны в Японии наука сделала резкий скачок вверх и начала развиваться не по дням, а по часам, давая человечеству выбор продолжать жить и ослаблять страдания с помощью современной кибернетики. Все человечество связано с помощью системы умов и личностей, известных как «Призраки». Самой большой угрозой цивилизации являются кибер-террористы, которые способны украсть человеческие тела и память.Когда вирус под названием FIre-Starter заражает систему и начинает распространяться, происходит убийство премьер-министра Японии, совершенное таинственным киборгом. Майора Мотоко Кусанаги и её элитную команду оперативников специального назначения призывают выследить источник заражения. Копаясь всё глубже и глубже в расследовании, они обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который может иметь к этому отношение.Когда цель может находиться где угодно и выглядеть как угодно, единственный выбор, который остаётся, — это доверять своему Призраку и надеяться, что Вы не заражены.

Приняв вымышленное имя Mafty Navue Erin, Хэтэуей Ноа присоединяется к террористической организации под названием «Mafty», которая ведёт кампанию против правительства Земной Федерации. Им удаётся заполучить невероятно мощный прототип Гандама, пилотом которого и становится Хэтэуей Ноа. Используя новый прототип, он пытается атаковать собрание высокопоставленных членов кабинета Федерации в Аделаиде для того, чтобы заставить их проголосовать против постановления, которое усилит и без того значительные полномочия Федерации.

Коёми Такасаки, живущий с матерью после развода родителей, поступает в подготовительную школу при местном университете. Школьная жизнь, насыщенная событиями и приятным времяпрепровождением с друзьями, обходит Коёми, сосредоточенного на учёбе, стороной. В старшей школе он предпринимает попытки найти друзей, но у него ничего не выходит. Его жизнь по-настоящему меняется только тогда, когда к нему неожиданно обращается его одноклассница Кадзунэ Такигава, которая рассказывает ему, что прибыла из 85-го мира, где они с Коёми давным-давно возлюбленные.

К 2029 году границы реального мира практически размываются развитием интернета и кибернетики, но из-за этого человек становится уязвимым к хакерским атакам. Разыскиваемый хакер, известный как «Кукловод», начинает использовать эту уязвимость в политических целях.Девятому отделу, группе кибернитически усовершенствованных полицейских, поручено найти и остановить Кукловода. Однако по мере расследования начинают возникать сомнения, что же является верным: то, что делают люди, или то, что делает Кукловод... Особенно в этом мире, где различие между человеком и машиной практически стёрлось.

Катастрофическое землетрясение повергло Японию и большую часть страны под синие пучины океана. Почти 95% суши было поглощено солёными водами океанов и морей.Айка Сумэраги, главная героиня истории, является спасателем. Она исследует дно океана и ищет затерянные людьми драгоценности, различные технические разработки и всё то, что имеет материальную ценность и что не удалось спасти во время всемирного потопа. Но жизнь Айки кардинально меняется, когда она получает тайную и опасную миссию по поиску и возвращению секретного оружия, названного «Лагу». Девушка тогда ещё не знала, к чему приведёт эта миссия...

Человечество всегда тяготело к изучению неизведанного. Даже если неизведанное хранило в себе безграничную опасность... Много сотен лет назад посреди южного моря был обнаружен остров, в основании которого зияло громадное отверстие. Вопрос, что же находится там, глубоко внизу, мгновенно отравил умы желающих заполучить предполагаемые богатства. Бесчисленные искатели приключений мало-помалу прибывали на этот клочок земли, спускались вниз, и вскоре выяснилось, что поживиться там и правда есть чем. Однако вместе с тем люди, отправлявшиеся всё ниже и ниже и возвращавшиеся обратно, рассказывали о необычайных и кровожадных существах, погубивших их товарищей, а также выдвигали теории, что у дыры на самом деле нет дна. И где-то глубоко внизу родилось название — Бездна.Со временем вокруг отверстия образовался город Орф, построенный потомками первых исследователей Бездны на костях своих отважных предков. Двенадцатилетняя Рико, как и многие дети в городе, сирота, чьи родители сгинули в недрах прожорливой дыры. Дети с её судьбой вынуждены жить в приютах при гильдиях исследователей Бездны и работать на них, добывая Реликвии. Однако, храня воспоминания о своей легендарной матери, Рико не унывает и, наоборот, хочет как можно скорее набраться опыта и получить Белый Свисток, олицетворяющий высший ранг среди исследователей.Но пока она только ученик, вынужденный довольствоваться Красным Свистком новичка и безопасными вылазками на глубину не больше ста метров от поверхности. Где уж тут станешь великим?.. Однажды, отдавая всю себя работе, Рико чуть было не попадает в пасть грозному монстру, от которого её спасает странный мальчик — не то робот, не то человек, — прибывший, как считает девочка, с самого низа Бездны. Это событие рождает новую догадку: неужели, каждый день смотря в Бездну, Бездна в ответ пристально глядит на тебя?