После того как братья-близнецы Тор и Рай Кляйны стали свидетелями убийства родителей, неизвестные в масках переправили их на отдалённую планету, куда свозят преступников. Имея на руках только необычный нож и зловонный мешочек, они отправились на поиски цивилизации. Вскоре они выяснили, что растения на этой планете имеют преимущество перед животными. Только отдав всё, чтобы выжить, отбросив свою человечность и превратившись в зверя, каким был когда-то человек, смогут они выжить на этой жестокой планете.

Нарушив главный запрет Алхимии и попытавшись воскресить маму, талантливые братья Элрики заплатили высокую цену: младший, Альфонс, потерял тело, и теперь его душа прикреплена к стальным доспехам, а старший, Эдвард, лишился руки и ноги, поэтому ему приходится пользоваться протезами – автобронёй. Благодаря проявленным способностям Эд получил звание государственного алхимика и, таким образом, стал частью военной машины государства. Теперь у него есть шанс вернуть Алу прежнее тело. Впереди странствия и приключения, разгадки страшных тайн и бесконечные сражения…По сравнению с первой экранизацией, в обновлённом «Стальном Алхимике» даже дизайн персонажей стал более «взрослым». В целом это более динамичное произведение. С первой же серии героев бросает в самую гущу событий: резня в Иштваре, борьба отступников с Армией и фюрером Брэдли, гомункулы и многочисленные «намёки» на дальнейшее развитие истории.Почти полностью сохранился ансамбль сэйю, и остались прежними характеры героев, но здесь уже иной состав эпизодов, которые играют ключевую роль в формировании образов и объясняют суть происходящего. Вновь серьёзную атмосферу разбавляют юмористические вставки, но сократились светлые моменты счастливой жизни, поэтому сериал кажется более мрачным. Больше внимания уделено второстепенным и третьестепенным персонажам, особенно военным. Что касается сюжета, то основные темы остались неизменными: поиски Философского Камня, расплата за совершённое, политика и коварные планы загадочных врагов.

Мир, где живут вместе люди и андроиды под названием неаны. Руж, девушка-неан, вместе со своей напарницей Наоми получает от правительства задание - остановить группировку неанов, известную как Бессмертная девятка.