Однажды тёмной поздней ночью в городе Нью-Йорке Рю Хаябуса оказывается преследуем наёмными убийцами. Расправившись с ними, он выясняет, что они принадлежат к некой корпорации «Friedman Company», глава которой, доктор Нед Фридман, недавно потряс общественность своим заявлением об обнаружении лекарства от рака. С целью выяснить, зачем люди из этой корпорации преследовали его, он находит жилище доктора Фридмана, где сталкивается со своей подругой — журналисткой Сарой, также расследующей ситуацию вокруг таинственного доктора. Вместе они обнаруживают, каким ужасным образом Фридман пришёл к своему открытию и как это плотно связано с прошлым Рю. В этот момент возлюбленная Хаябусы, Айрин Лью, оказывается похищена неизвестными, и Рю вновь предстоит взять на себя роль Ниндзя-Дракона, дабы спасти её и разобраться с новой нависшей над миром угрозой.

В 2100 году недавно постоенный мегаполис Бэйсайд Сити, служащий главными морскими воротами Японии, является ареной ожесточённой борьбы правительственных служб с мощной индустрией контрабанды незаконного оружия и особенно мобильных боевых доспехов типа "Landmate", на которые существует огромный спрос среди террористов и бандитов по всему миру. Мэр города, раздражённый нерасторопностью и коррумпированностью полиции и сил безопасности, санкционирует создание спецподразделения "Оружие ангелов", состоящего из пяти девушек и оснащённого суперсовременными боевыми доспехами. При проведении очередной операции против контрабандистов в руки Ангелов попадает одна из ключевых фигур этого бизнеса - саудовский араб Хасан, обладающий ценной информацией, с помощью которой власти могут нанести торговле оружием смертельный удар. И именно этим пяти девушкам предстоит охранять Хасана от гнева бывших сообщников, нанявших для его устранения группу убийц со знаменитым террористом Жан-Люком во главе. Но главная проблема возникает тогда, когда выясняется, что Жан-Люк был возлюбленным Алисы, лучшего бойца Ангелов и самой террористки в прошлом...