После аварии на скутере, спровоцированной видением таинственной женщины, Анжелино, одного из тысяч бездельников в Даркмит-Сити, начинает мучить головная боль, которая сопровождается странными галлюцинациями. Вместе со своим хорошим приятелем Винсом он пытается выяснить, что с ним происходит. В это же время неизвестные люди в чёрном появляются в доме Анжелино, полные решимости поймать его.

В начале ХХI века в Антарктиде упал метеорит, что привело к таянию льдов и затоплению всех прибрежных территорий. По крайней мере, так звучала официальная версия. Мир на время погрузился в хаос, но позднее постепенно восстановился. Это событие получило название Второй удар.Школьника Синдзи Икари вызвал к себе его отец Гэндо Икари, являющийся главой могущественной организации Nerv. Под давлением отца и обстоятельств Синдзи начал пилотировать самое удивительное и разрушительное оружие людей — боевого робота Евангелион. На Токио-3, где находится штаб квартира Nerv, напали странные существа, называемые Ангелами. Однако с течением времени Синдзи открывается правда о Втором ударе, Nerv и Ангелах. И его разум начинает медленно погружаться в пучины отчаяния. Компиляция эпизодов сериала «Евангелион нового поколения» с несколькими переснятыми сценами.

После событий второго фильма Синдзи Икари пробуждается спустя 14 лет. Он не понимает, что происходит, но постепенно ему открывается пугающая истина. В результате Синдзи придётся снова сражаться с Ангелами вместе с неожиданными союзниками, преодолевая сопротивление бывших друзей. И снова судьба бросит его на передовую войны и заставит принимать решение за всё человечество. Что же он выберет в этот раз?

После Второго удара всё, что остаётся от Японии — это город Токио-3, подвергаемый постоянным атакам гигантских существ, стремящихся уничтожить человечество, называемых Ангелами.Синдзи Икари, до этого не видевшийся с отцом три года, получает от него телефонный звонок с требованием немедленно прибыть в штаб-квартиру Nerv, организации, противостоящей Ангелам. Для борьбы с Ангелами.Nerv используют гигантских роботов, называемых Евангелионами.Задачей Синдзи становится пилотирование Евы-01 и работа в команде с пилотом Евы-00 Рей Аянами.

Проведя много времени плечом к плечу с Такаги, Нисикате по-прежнему не удалось найти такой план, который помог бы превзойти его подругу. Головоломки, физические тренировки, проверка на страх — всё против неё бесполезно. Напротив, жалкие попытки Нисикаты лишь раскрывают его собственные слабости, которые так умело подмечает Такаги и всё с бо́льшим азартом дразнит бедного паренька. Мало того, слухи о том, что между ними что-то есть, становятся всё более очевидными в глазах одноклассников.Тем не менее Нисиката верит, что болезненный опыт принесёт свои плоды и когда-нибудь ему удастся сделать, казалось бы, невозможное — перехитрить Такаги и заставить её краснеть от смущения!

Ангелы продолжают свои непрерывные атаки, а в Nerv появляются два новых пилота: пилот павшего в первом же бою Евангелиона-05 Мари Илластриэс Макинами и пилот Евы-02, а позже Евы-03 Аска Лэнгли Сикинами.В то же время Гэндо Икари и Seele приступают к проекту совершенствования человечества, в котором задействованы Рей с Синдзи и загадочный мальчик Каору Нагиса.

В 2015 году на Землю вновь нападают Ангелы, загадочные существа, отличающиеся гигантскими размерами и сокрушительной силой. Единственной надеждой для спасения человечества являются Евангелионы (сокращённо — Евы), человекоподобные боевые машины, разработанные Nerv, специальным отделом Организации Объединённых Наций. Евы в состоянии отражать нападения Ангелов, однако есть одна особенность — пилотировать роботов может ограниченное число людей. Только горстка подростков, рождённых четырнадцать лет назад, через девять месяцев после первого появления Ангелов, может управлять Евами. Один из них — Синдзи Икари, отец которого является руководителем Nerv. Втянутый в водоворот битв и событий, которых он не понимает, Синдзи вынужден проникнуть в глубины собственного внутреннего мира, чтобы найти силы и храбрость не только для сражений, но и для выживания, иначе он рискует потерять всё.